Tellingen van overwinterende vleermuizen in ondergrondse objecten (ijskelders, bunkers, forten, groeves) en tellingen van vleermuizen op kerkzolders zijn in Nederland de enige toegepaste vormen van aantalsmonitoring van vleermuizen. Vleermuizen zijn op die locaties relatief makkelijk op te sporen, te tellen en te determineren.
Van soorten die in bovengrondse gebouwen (bijvoorbeeld in spouwmuren en/of daklagen) of in bomen verblijven ontbreken gegevens over de aantalsontwikkeling. Dit geldt met name voor de volgende soorten:
• Gewone dwergvleermuis (gebouwen)
• Ruige dwergvleermuis (gebouwen)
• Laatvlieger (gebouwen)
• Tweekleurige vleermuis (gebouwen)
• Rosse vleermuis (gebouwen)
De meest recente betrouwbare gegevens over de geschatte populatieomvang van vleermuizen zijn afkomstig uit het vleermuizenatlasproject van de periode 1986-1993. Latere landelijke en provinciale atlasprojecten missen (nog) de nauwkeurige registratie van onderzoeksdekking om nieuwe uitspraken om te kunnen doen. Op basis van de beschikbare recente verspreidingsgegevens gecombineerd met de “indruk”van actieve veldwerkers wordt voor de laatvlieger en de rosse vleermuis wel rekening gehouden met een negatieve trend. Beide soorten zijn opgenomen op de Rode Lijst.