Om in een dynamische omgeving als de stad een goede afweging te maken tussen stedelijke ontwikkeling en de bescherming van vleermuizen moeten we van de verschillende soorten vleermuizen goed weten welke mate van bescherming ze nodig hebben.
Van ontwikkelingen met een mogelijk negatief effect op vleermuizen dient het effect op de duurzame instandhouding van de populatie van de betreffende vleermuissoort gewogen te worden. Met populatie wordt bedoeld: een sociaal samenhangende genetisch verwante groep vleermuizen (mannetjes en vrouwtjes) van een soort die gedurende de winter of zomer in één bepaald gebied leven en waarbij uitwisseling met andere populaties voornamelijk door middel van migratie en/of op zwermlocaties plaatsvindt. Afhankelijk van de verspreiding en het voorkomen van de soort gaat het om een afweging op de lokale, regionale en/of nationale populatie. Hoe groter de kans op een negatief effect hoe groter de noodzaak om dit effect te voorkomen. Wanneer een negatief effect niet voorkomen kan worden moet dit met beschermende maatregelen zoveel mogelijk verzacht en/of gecompenseerd worden.
Dit vereist vanzelfsprekend kennis van de ‘’populatie’’omvang en de ‘’populatie’’ trend van de verschillende soorten vleermuizen. Van de meeste soorten van stedelijk gebied is deze kennis echter niet of slechts zeer beperkt aanwezig. Zelfs voor een algemene soort als de gewone dwergvleermuis mogen we op dit moment niet aannemen dat die algemeen voorkomt en een positieve populatietrend heeft. Wanneer we de ecologie van deze soort afzetten tegen de ontwikkelingen in stedelijk gebied kan zelfs worden gesteld dat er een groot risico is dat de gewone dwergvleermuis op de rode lijst terecht komt. Net als de huismus algemeen voorkomend, maar met een sterk dalende populatieomvang. Van een andere gebouwenbewoner, de laatvlieger, zijn er al aanwijzingen voor een achteruitgang van de populatie, maar is nog onduidelijk hoe sterk deze achteruitgang is.
Met betrekking tot de populatie zijn er twee belangrijke kennislacunes:
A. Onvoldoende bekende populatietrend en omvang van met name gebouwenbewonende soorten
B. Onbekende invloed van factoren in populatieontwikkeling (dosis-effect relaties)